Los arqueólogos han hallado, en el subsuelo de Santos Justo y Pastor, parte del ábside de la basílica del siglo VI, y unas estructuras de la nave de la basílica. Esas estructuras serían de una cripta seguramente de carácter funerario, destinada a acoger la tumba de uno o varios personajes destacados de la comunidad cristiana de entonces. El hallazgo permite a los expertos comenzar a dibujar la planta del templo, que se situaría en sentido transversal a la actual iglesia gótica. Probablemente era un edificio triabsidal, del cual se conservarían solo los dos ábsides extremos pero no el central, afectado por las parcelaciones del suelo que se acometieron en el siglo XVIII.
Los trabajos arqueológicos ya alumbraron en 2011 una columna y el arranque de un muro absidal y en 2012 parte de una piscina bautismal con planta en forma de cruz, ambos datados en el siglo VI; esos restos junto con los hallados ahora confirman la existencia de un segundo grupo episcopal cristiano en la ciudad. En la última campaña arqueológica en Santos Justo y Pastor, en medio del ábside, se ha encontrado un elemento singular, una pequeña ventana desde la que los fieles podían mirar el interior de la cripta soterrada y orar, si bien también podría ser un espacio para guardar reliquias veneradas. Esta ventanilla, situada al pie del suelo, cumpliría además la función de iluminar mínimamente el interior. Su forma de aspillera es similar a las ventanas que se pueden ver en el Palacio Episcopal de Barcelona o en el edificio cruciforme de la Prisión de San Vicente (Valencia), edificios ambos levantados en el siglo VI. Otra actuación arqueológica cerca de la cabecera de la iglesia gótica ha permitido identificar una secuencia de dos pavimentos tardoantiguos (´opus signinum´) y cuatro alto-medievales (mortero de cal).
Ya de antes se conocía una pila de agua bendita reconocida como del siglo V.
El siglo VI es potente para Barcelona, pues Barcino fue escogida como Sede Regia por los reyes visigodos Gesaleico, Teudis y Teudiselo y se sabe que había una buena convivencia de los recién llegados arrianos con la población local católica. Cuando los visigodos se instalaron en la ciudad ocuparon el núcleo episcopal que había bajo la catedral actual y los católicos fueron desplazados a Santos Justo y Pastor, donde probablemente había una primera iglesia de la que aún no se tiene constancia arqueológica. Estos restos arqueológicos pueden confirmar que en el s.VI, bajo los reyes citados, había en Barcelona dos templos principales, cada uno con su propio obispo. Los hispanorromanos eran católicos y rendían culto con su obispo donde hoy está Santos Justo y Pastor. Por su parte, los godos, una aristocracia guerrera llegada con Ataúlfo (y su esposa romana Gala Placidia) a principios del siglo V, se habrían quedado la basílica original católica (donde hoy está la catedral) y la usaban como su iglesia principal para el culto arriano.
Veamos a Gala Placidia en un medallón; es la figura de la derecha.
En el año 467 fue depuesto el último emperador de Roma, Rómulo Augústulo, y nadie discutía el control godo de la Península.
Entre los pueblos germánicos se extendió el arrianismo. Los visigodos lo mantuvieron en Hispania como un signo más para diferenciarse de sus vasallos hispanorromanos. Por lo general, los godos dejaron tranquilos a los hispanorromanos con su clero y su fe católica: bajo el obispado de Nebridio, en el año 540, Barcelona incluso acogió un concilio católico de la región tarraconense, probablemente en el templo donde hoy está Santos Justo y Pastor. Sólo a finales de siglo Leovigildo persiguió con saña a los católicos pero el rey Recaredo I se convirtió al catolicismo en el año 587. De hecho, el fin del arrianismo visigodo llegó dos años después, en el III Concilio de Toledo (en 589), al que acudieron 72 obispos, muchos de ellos arrianos. De algunas diócesis (como Tortosa) venían dos obispos, uno católico y otro arriano. De Barcelona vino sólo un obispo arriano. Había obispos de la región narbonense (del sur de Francia perteneciente a los visigodos) pero faltaban los del sur de España, dependientes del Imperio Bizantino. Los obispos arrianos del noroeste peninsular eran suevos, no visigodos, pero en este Concilio suevos y godos renunciaron al arrianismo y adoptaron la fe católica para toda España; fue una semilla de unidad rotunda. Con ese concilio se acabó la división de dos pueblos que rezaban en dos iglesias distintas, precisamente la división que ejemplifican los hallazgos en San Justo y Pastor, cuando Barcelona era la capital de los reyes Gesaleico y Teudis, que la favorecían por sus buenas murallas y su cercanía a sus dominios de la región narbonense.
En este lugar los cristianos han rezado generación tras generación durante 1700 años (exceptuando algunos momentos de persecución, como en la Guerra Civil Española).
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